Het gebouw waar het huidige museum Mu.ZEE gehuisvest is was oorspronkelijk een warenhuis, in 1947 ontworpen door de Belgische architect Gaston Eysselinck. In 1981 gaat het warenhuis failliet en het gebouw wordt eigendom van de Provincie West-Vlaanderen die het ombouwt tot museum.
Naar aanleiding van het 100e geboortejaar van Constant Permeke opent het museum in 1986 met een Permeke-retrospectieve. Willy Van den Bussche, medestichter van het PMMK, wordt de eerste conservator. Willy Van den Bussche was, net als Flor Bex in Antwerpen en Jan Hoet in Gent, een van de voorvechters van musea voor moderne en hedendaagse kunst in Vlaanderen.
In 2007 volgt Phillip Van de Bossche Willy Van den Bussche op als conservator. Onder zijn leiding beslist men de collectie van het PMMK samen te brengen met die van het Oostendse Museum voor Schone Kunsten. Het nieuwe museum krijgt de naam Kunstmuseum aan Zee alias Mu.ZEE. De uitgebreide collectie moderne Belgische kunst omvat werken van Pierre Alechinsky, Guy van Bossche, Amedee Coutier, Jan Fabre, René Magritte, George Minne, Panamarenko …
In 2006 gebruikt TAZ voor het eerst het museum als locatie. Ze brengen er de premiére van Zuffa, een monoloog van Bart Koubaa alias Bart Van den Bossche. In 2014 is de Congolese kunstenaar Sammy Baloji, in het kader van TAZ, te gast in Mu.ZEE.
